La batalla contra los Ángeles entra en una fase cada vez más desesperada. Shinji, Asuka y Rei continúan enfrentándose a enemigos más poderosos, mientras la presión psicológica sobre los pilotos se vuelve insoportable. Asuka comienza a perder la sincronía con su Eva, afectando gravemente su orgullo y su estabilidad emocional. Al mismo tiempo, la relación entre Rei y Shinji se vuelve más cercana, revelando nuevos matices sobre la misteriosa naturaleza de ella.